La mise en place à la rentrée 2008, après la décision du ministère, sans aucune concertation, de la suppression de 2 heures d'enseignement à tous les élèves, l'aide personnalisée a fortement déstabilisé le fonctionnement des écoles. Aux problèmes d'organisation (comme le choix des horaires dans un cadre aux multiples contraintes) se sont juxtaposées des interrogations de fond quant à l'efficacité du dispositif.